Săn phù thủy hay thanh trừng phù thủy là cuộc săn lùng những người được gắn mác phù thủy ở Châu Âu và Châu Mỹ Thuộc địa diễn ra trong Thời kỳ cận đại hoặc khoảng năm 1450 đến 1750. Các thống kê tại châu Âu ước tính khoảng 40.000 đến 50.000 vụ hành quyết. Ở các khu vực khác, như châu Phi và châu Á, các cuộc săn lùng phù thủy đương đại đã được báo cáo từ châu Phi cận Sahara và Papua New Guinea, và luật chính thức chống lại phù thủy vẫn được áp dụng ở Ả Rập Xê Út và Cameroon ngày nay.
Theo ngôn ngữ hiện đại, săn phù thủy có nghĩa ẩn dụ là một cuộc điều tra thường được tiến hành công khai, được cho là để phát hiện ra hoạt động lật đổ, sự không trung thành v.v., nhưng với mục đích nhắm vào các đối thủ chính trị.