Vi sinh y học, tập hợp lớn của vi sinh học được áp dụng cho y học, là một nhánh của khoa học y tế liên quan đến việc phòng ngừa, chẩn đoán và điều trị các bệnh truyền nhiễm. Ngoài ra, lĩnh vực khoa học này nghiên cứu các ứng dụng lâm sàng khác nhau của vi khuẩn để cải thiện sức khỏe. Có bốn loại vi sinh vật gây bệnh truyền nhiễm: vi khuẩn, nấm, ký sinh trùng và vi rút, và một loại protein truyền nhiễm được gọi là prion. Một nhà vi trùng học y tế nghiên cứu các đặc điểm của mầm bệnh, phương thức lây truyền, cơ chế lây nhiễm và tăng trưởng của chúng. Sử dụng thông tin này, một điều trị có thể được đưa ra. Các nhà vi trùng học y tế thường đóng vai trò là nhà tư vấn cho các bác sĩ, cung cấp nhận dạng các mầm bệnh và đề xuất các lựa chọn điều trị. Các nhiệm vụ khác có thể bao gồm xác định các rủi ro sức khỏe tiềm ẩn cho cộng đồng hoặc theo dõi sự phát triển của các chủng vi khuẩn có khả năng gây bệnh hoặc kháng thuốc, giáo dục cộng đồng và hỗ trợ thiết kế các thực hành y tế. Họ cũng có thể hỗ trợ trong việc ngăn ngừa hoặc kiểm soát dịch bệnh và bùng phát dịch bệnh. Không phải tất cả các nhà vi trùng học y tế nghiên cứu bệnh lý vi khuẩn; một số nghiên cứu các loài phổ biến, không gây bệnh để xác định xem liệu tính chất của chúng có thể được sử dụng để phát triển kháng sinh hay các phương pháp điều trị khác. Dịch tễ học, nghiên cứu về mô hình, nguyên nhân và ảnh hưởng của tình trạng sức khỏe và bệnh tật trong quần thể, là một phần quan trọng của vi sinh y học, mặc dù khía cạnh lâm sàng của lĩnh vực này chủ yếu tập trung vào sự hiện diện và tăng trưởng của nhiễm trùng vi khuẩn ở cá nhân, ảnh hưởng của chúng trên cơ thể người, và các phương pháp điều trị những bệnh nhiễm trùng đó. Về mặt này, toàn bộ lĩnh vực, như một khoa học ứng dụng, có thể được phân chia một cách khái niệm thành các chuyên ngành lâm sàng và lâm sàng, mặc dù trong thực tế có sự liên tục không phân biệt giữa vi sinh y tế công cộng và vi sinh lâm sàng, giống như các thành công trong các phòng thí nghiệm lâm sàng cải tiến liên tục trong y học hàn lâm và phòng thí nghiệm nghiên cứu.