Phẫu thuật chuyển giới (tiếng Anh: Sex reassignment surgery, viết tắt là SRS), còn gọi là giải phẫu chuyển đổi giới tính, phẫu thuật xác định lại giới tính, phẫu thuật tái tạo bộ phận sinh dục, hoặc nói thông dụng chuyển đổi giới tính) là một dạng phẫu thuật nhằm sửa đổi các bộ phận sinh dục của một người từ giới tính nam sang nữ hoặc ngược lại (dương vật và tinh hoàn đối với nam; âm vật, âm đạo, tử cung và buồng trứng đối với nữ).
Chú ý không nhầm lẫn "phẫu thuật chuyển giới" với khái niệm "chuyển đổi giới tính". Việc can thiệp y tế để chuyển đổi giới tính bao gồm nhiều bước: đầu tiên là dùng nội tiết tố (hooc-môn) trong 2 năm, và bước hoàn tất là phẫu thuật chuyển đổi bộ phận sinh dục.