Nội bào tử hay endospore là một cấu trúc ngừng hoạt động, bền chắc, và không sinh sản, được hình thành bởi một số vi khuẩn từ ngành Firmicute. Cái tên "nội bào tử" có thể gợi đến về bào tử ("spore") hoặc hạt giống ở thực vật (còn "endo" có nghĩa là bên trong), nhưng nó không phải là một bào tử thực sự (tức là, không phải để phát triển thế hệ tiếp theo). Đây là một hình thức tối giản, ngừng hoạt động của vi khuẩn. Nội bào tử thường được hình thành khi thiếu chất dinh dưỡng, và thường xảy ra ở vi khuẩn Gram dương. Trong sự hình thành nội bào tử, vi khuẩn phân chia tế bào chất bên trong thành tế bào của nó. Một mặt sau đó lấn át mặt kia. Nội bào tử cho phép vi khuẩn có thể "nằm im" trong thời gian dài, thậm chí nhiều thế kỷ. Đã có rất nhiều báo cáo về bào tử còn tồn tại hơn 10.000 năm, và những bào tử đã hàng triệu năm tuổi có thể trở lại hoạt động cũng đã được ghi lại. Đã có báo cáo về bào tử Bacillus marismortui trong tinh thể muối khoảng 250 triệu năm tuổi, nhưng vẫn có khả năng hoạt động trở lại. Khi môi trường trở nên thuận lợi hơn, các nội bào tử có thể kích hoạt lại chính nó trở về trạng thái sinh dưỡng. Hầu hết các loại vi khuẩn không thể hình thành dạng nội bào tử. Ví dụ về vi khuẩn có thể hình thành nội bào tử có thể kể đến Bacillus và Clostridium.