Loài bảo trợ (hay cũng còn gọi là loài bảo hộ hay là loài chủ chốt) là một thuật ngữ sinh thái học chỉ về một hoặc một vài loài nào đó có vai trò kiểm soát và chế ngự sự phát triển của các loài khác có chung hệ sinh thái, duy trì sự ổn định của quần xã sinh vật. Vai trò của loài bảo trợ là đảm bảo sự đa dạng của quần xã nơi nó hiện diện Chúng một mặt có giá trị góp phần điều hoà, kiểm soát số lượng cá thể các quần thể con mồi, nhất là các loài ăn cỏ, giúp cân bằng sinh thái tự nhiên, gián tiếp giúp cho quần thể thực vật được bảo vệ, mặt khác, loài bảo trợ có vai trò chế ngự các loài thú ăn thịt bậc trung, không để chúng trỗi dậy, mà sẽ tàn sát các sinh vật nhỏ yếu hơn với sự ranh mãnh của chúng. Nếu loài bảo trợ biến mất khỏi quần xã thì quần xã sẽ rơi vào trạng thái bị xáo trộn và dễ rơi vào tình trạng mất cân bằng. Đây là loài được tự nhiên lựa chọn để làm nhiệm vụ bảo tồn, chúng sẽ bảo vệ những loài gián tiếp bảo vệ nhiều loài khác tạo nên các cộng đồng sinh thái của môi trường sống của nó. Loài bảo trợ ở một góc độ nào đó còn giúp kiềm chế và đẩy lùi các loài du nhập hay loài xâm lấn. Sự hiện diện của nhiều loài bảo trợ là sự biểu hiện của một hệ sinh thái có độ đề kháng mạnh. Những hệ sinh thái thiếu vắng các loài bảo trợ thường là những thiên đường mong manh trước áp lực của các loài xâm lân, chẳng hạn như hệ động vật New Zealand. Các loài bảo trợ thông thường là những động vật ăn thịt đầu bảng, đứng đầu chuỗi thức ăn, có vị trí thứ bậc cao, chẳng hạn như loài hổ ở các khu rừng già của châu Á, hay loài báo đốm ở vùng rừng rậm Nam Mỹ hay loài sói xám-siêu dã thú ở Bắc Mỹ.