Kongonaphon là một chi đã tuyệt chủng của lagerpetid avemetatarsalians từ giữa đến cuối kỷ Tam Điệp của quốc gia Madagascar. Nó chứa một loài duy nhất, Kongonaphon kely, được biết đến từ một phần bộ xương rời rạc. Hóa thạch này có từ hệ tầng Makay cuối kỳ Ladinian hoặc đầu kỳ Carnian. Là loài lagerpetid đầu tiên được tìm thấy ở Châu Phi, Kongonaphon mở rộng phạm vi của gia đình đáng kể. Nó sở hữu sự kết hợp các đặc điểm của nhiều loài lagerpetids khác, nhưng đặc biệt phát triển xương chân dài và mảnh. Kongonaphon cũng là loài lagerpetids đầu tiên có hóa thạch mõm và răng được biết đến. Nó có khả năng là một loài ăn côn trùng dựa trên hình dạng và kết cấu của răng. Kongonaphon đáng chú ý vì kích thước cực nhỏ của nó, thậm chí so với các loài avemetatarsalian nhỏ ban đầu khác. Xương đùi thon dài tương ứng chỉ dài khoảng 4 cm (1,6 inch) và tổng chiều cao của con vật được ước tính vào khoảng 10 cm (3,9 inch). Cùng với các thằn lằn chúa thu nhỏ khác như Scleromochlus, điều đó cho thấy rằng avemetatarsalian đã trải qua quá trình giảm kích thước đột ngột ngay từ đầu trong quá trình tiến hóa của chúng. Điều này có thể giải thích cho việc bảo quản kém và sự khan hiếm của các hóa thạch avemetatarsalian sớm và giữa kỷ Tam Điệp. Kích thước nhỏ cũng có thể đã giúp chúng khai thác nhiều loại hốc sinh thái mới. Các phân nhóm avemetatarsalian, thằn lằn bay và khủng long thành công nhất, có thể đã phát triển do sự giảm kích thước đột ngột này. Quá trình thu nhỏ có tương quan với sự tiến hóa của khả năng bay (một đặc điểm xác định của loài thằn lằn bay) và việc đạt được chủ nghĩa hai chân (được nhiều loài khủng long sử dụng). Nó cũng sẽ dẫn đến khả năng giữ nhiệt kém, khuyến khích sự phát triển của lông vũ hoặc các cấu trúc dạng sợi khác. Mặc dù Kongonaphon rõ ràng là một ornithodiran, nhưng vẫn chưa chắc liệu nó gần với thằn lằn bay hay khủng long hơn. Khi được đưa vào phân tích phát sinh loài mà không có Scleromochlus , lagerpetids được coi là khủng long biến hình cơ sở (gần với khủng long hơn). Tuy nhiên, việc đưa Scleromochlus vào dẫn đến phân tích tạm thời ủng hộ lagerpetids là thằn lằn bay (gần giống với thằn lằn bay hơn). Phần còn lại của hóa thạch từ các loài lagerpetids khác được mô tả vào cuối năm 2020 ủng hộ mạnh mẽ giả thuyết rằng chúng là loài thằn lằn bay.