iPhone OS 3 là phiên bản lớn thứ ba của iOS, hệ điều hành trên điện thoại di động của công ty Apple Inc.. iPhone OS 3 được phát triển tiếp nối từ iPhone OS 2. Phiên bản được công bố vào ngày 17 tháng 3 và được phát hành rộng rãi vào ngày 17 tháng 6 năm 2009. Bản kế tiếp của OS 3 là iOS 4, phát hành ngày 21 tháng 6 năm 2010, phiên bản đầu tiên bỏ tên gọi "iPhone OS". iPhone OS 3 đã thêm tính năng "cắt, sao chép hoặc dán" trên toàn hệ thống, cho phép người dùng di chuyển nội dung dễ dàng hơn. Nó cũng giới thiệu Spotlight, một tính năng lập chỉ mục tìm kiếm được thiết kế để giúp người dùng định vị thông tin cụ thể trên thiết bị của họ, chẳng hạn như danh bạ, email hoặc ứng dụng. Màn hình chính được mở rộng để cho phép người dùng thêm tối đa 11 trang, hiển thị tổng cộng 180 ứng dụng. Ứng dụng Tin nhắn đã nhận được hỗ trợ cho MMS, trong khi ứng dụng Máy ảnh nhận được hỗ trợ quay video trên iPhone 3GS và ứng dụng "Bản ghi âm" mới cho phép người dùng ghi lại giọng nói của họ. Khả năng mua trong ứng dụng cũng được thêm vào các ứng dụng của bên thứ ba.