Hệ vi sinh thái có thể tồn tại ở những vị trí được xác định chính xác bởi các yếu tố môi trường quan trọng trong không gian nhỏ hoặc siêu nhỏ. Các yếu tố trong hệ vi sinh thái có thể bao gồm nhiệt độ, pH, môi trường hóa học, cung cấp chất dinh dưỡng, sự hiện diện của cộng sinh hoặc chất rắn, khí quyển (hiếu khí hoặc kỵ khí), v.v.