Gen phân mảnh là gen có trình tự mã hóa không liên tục, trong vùng mã hoá của nó có các đoạn êxôn mã hóa amino acid xen kẽ với các đoạn intrôn không có mã. Đây là thuật ngữ thuộc lĩnh vực sinh học phân tử, trong tiếng Anh là interrupted gene hoặc split gene, đã được dịch ra tiếng Việt là "gen phân mảnh" hoặc "gen gián đoạn". Loại gen này phổ biến trong bộ gen của sinh vật nhân thực; ngược lại chưa phát hiện được ở sinh vật nhân sơ, hoặc mới chỉ tìm thấy ở một số ít vi khuẩn.