Đột biến trung tính - theo nghĩa rộng - là những đột biến không gây hại nhưng cũng chẳng có lợi gì cho sinh vật có đột biến đó. Theo nghĩa thường dùng - trong di truyền phân tử - đột biến trung tính là thay đổi ở chuỗi nuclêôtit của phân tử DNA mà không gây hại nhưng cũng chẳng có lợi cho sinh vật mang đột biến đó. Vì gen là một đoạn DNA, làm khuôn tổng hợp ra RNA, nên trong những trường hợp nhất định, có thể gọi RNA có đột biến trung tính, khi RNA này là bản phiên mã của gen có đột biến trung tính.